Une partie de la confusion entourant la mort de JonBenét Ramsey concerne non seulement les circonstances de sa disparition et de sa découverte, mais également la manière dont elle est décédée. Plusieurs détails étranges au sujet de son assassinat ont amené beaucoup de personnes à se demander s'il avait été mis en scène ou si certains aspects visaient à dissimuler le véritable assassin. Elle a été tuée à Noël en 1996, à l'âge de six ans à peine, et son corps a été découvert dans la cave à vin de son domicile, en dépit d'une note de rançon découverte par ses parents indiquant qu'elle avait été kidnappée. Alors, comment JonBenét Ramsey est-il mort?
Le chef de la police, Mark Beckner, qui a travaillé sur l’affaire Ramsey lorsqu’il s’est produit, a réalisé une AMA Reddit dans laquelle il a traité des détails de l’affaire. Selon lui, JonBenét aurait été frappé à la tête avec un objet qui aurait pu être une lampe de poche ou quelque chose de similaire, qui lui aurait fracturé le crâne et l’aurait assommée. Quarante-cinq minutes à deux heures plus tard, elle a été étranglée avec un garrote composé d'une corde et d'un pinceau cassé pris à la maison de Ramsey. La strangulation est finalement ce qui l'a tuée, dit Beckner, mais le coup porté à la tête l'aurait finalement tuée. Elle a peut-être été agressée sexuellement, bien que le chef Beckner ait pensé que le traumatisme causé à ses organes génitaux avait été mis en scène. Elle a également été retrouvée avec les mains liées et du ruban adhésif sur la bouche. Il y avait de l'ADN sur les lieux, mais il ne correspondait à aucun des suspects pris en compte par la police.
Il y a d'autres détails étranges. Mis à part le pinceau cassé, dont une autre partie a été retrouvée parmi les fournitures d'art de Patsy Ramsey, un ananas a été trouvé dans l'estomac de JonBenét qu'elle aurait ingéré une heure ou deux avant sa mort. Aucun de ses parents ne s'est souvenu avoir donné de l'ananas JonBenét, mais il y avait un bol d'ananas dans la cuisine. Cela rend la chronologie encore plus curieuse - un intrus aurait-il eu le temps de donner une collation à JonBenét, d'écrire une note de rançon de deux pages et demie (il y avait même une première ébauche potentielle de la note trouvée dans la maison), le matraque JonBenét, et puis attendez une heure ou plus pour l'étrangler? Le tout sans laisser d'empreintes digitales, ou aucun signe que la maison a été cambriolée?
Cependant, la scène du crime était potentiellement menacée par le grand nombre de personnes entrant dans la maison immédiatement après, notamment des membres de la famille et des amis des Ramseys. Et de nouvelles preuves sont apparues au fil des ans. Ils pensent maintenant qu’un pistolet paralysant a peut-être été utilisé sur JonBenét, et deux empreintes de bottes distinctes ont également été trouvées dans le sous-sol. En plus de cela, du sang retrouvé sur les sous-vêtements de JonBenét de la nuit du meurtre contenant l'ADN d'un homme inconnu. L'ADN n'a été comparé à personne dans la base de données de police existante ou à aucun des suspects dans l'affaire. Il ne correspond pas non plus à celui de Ramseys.